明治5年に学制が領布され、その中に伝染病の予防、学校の設備の衛生、児童生徒の健康管理、身体検査に関する諸規定が公布され、学校医、学校歯科医による学校衛生の基礎が確立し、これが発展して今日の学校保健に至っています。

学校には救急薬品をはじめ理科用薬品などがあり、当時その管理は必ずしも十分に行われているとは言えない状況で、特に医薬品については多くの問題を抱えていました。昭和の初期に保健室で昇汞（しょうこう=HgCl2消毒薬）を瓶に移しかえたところ、他の教師がそれを知らずに胃腸薬と思い児童に服薬させ、死亡させるという事件がありました。これが契機となり、学校における医薬品の管理をするための学校薬剤師の必要性が叫ばれ、昭和5年に東京麹町区に学校薬剤師が置かれることになりました。

日本薬剤師協会は学校薬剤師の重要性を感じ、その制度の全面的な普及と促進を計画し、昭和6年3月25日に衆議院に「学校薬剤師の設置」の請願書を提出し、採択されました。これに引き続いて、世田谷、芝、神田、本郷に学校薬剤師が置かれるようになり、昭和11年名古屋市に6名、大阪に15名が任命されています。

昭和10年11月に東京市学校薬剤師会が会員200名で設立され、昭和14年4月7日には第一回全国学校薬剤師協議会が名古屋市で開催され、1道3府17県から107名の学校薬剤師が参加しました。このような経緯から発展的に成長して平成14年現在で17,796名の会員数になっています。

学校教育法が昭和22年に教育基本法と共に制定施行され、その施行規則49条には「学校の環境の整備」と言う言葉が盛り込まれ、今日の学校環境衛生につながる文言が提唱されています。そして昭和33年4月10日に学校保健法が制定され、その16条に学校薬剤師の必置制が唱えられています。また、政令代174号にて同法施行令が公布され、同法施行規則第25条に学校薬剤師の職務執行の準則がしめされて、身分と職務が確立されました。

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